Formålet med virksomhedsinstruksen er dels at få beskrevet virksomhedens forretningsområde m.m., og dels at få beskrevet hvordan virksomheden koordinerer opgaverne på regnskabsområdet mellem de regnskabsførende institutioner.
For hver virksomhed skal udarbejdes en virksomhedsinstruks, der beskriver hvorledes regnskabsforvaltningen er tilrettelagt indenfor virksomheden.
Indholdskravet til virksomhedsinstrukserne er derfor forskelligt afhængigt af, om virksomheden består af én eller flere regnskabsførende institutioner.
Virksomhedsinstruksen skal indeholde en beskrivelse af virksomhedens forretningsområde og de hovedkonti på finansloven, som virksomheden har ansvaret for. Endvidere skal instruksen indeholde en beskrivelse af, hvornår der i årets løb skal godkendes perioderegnskaber, samt proceduren for de regnskabsførende institutioners godkendelse af perioderegnskaber over for virksomheden.
Virksomhedsinstruksen skal derudover indeholde en beskrivelse af hovedelementerne i tilrettelæggelse af den interne kontrol og risikostyring, herunder kontrol med udførende enheder, i forbindelse med regnskabsaflæggelsen.
For virksomheder, der består af flere regnskabsførende institutioner, skal virksomhedsinstruksen endvidere indeholde en beskrivelse af hvorledes virksomhedens regnskabsansvar er fordelt på de enkelte regnskabsførende institutioner samt en beskrivelse af proceduren for virksomhedens bevillingsudmelding og bevillingsafregning i forhold til de regnskabsførende institutioner.
Virksomhedsinstruksen skal godkendes af departementet, og den af departementet godkendte virksomhedsinstruks skal sendes til Rigsrevisionen og de under virksomheden hørende regnskabsførende institutioner.
Udarbejdelsen af ministerieinstruksen fremgår af §§ 16-19 i regnskabsbekendtgørelsen.
Retningslinjerne for udarbejdelse af virksomhedsinstrukser er nærmere beskrevet i Økonomistyrelsen vejledning om udarbejdelse af virksomhedsinstrukser.